Gestoría online para clínicas y centros de salud

Si diriges o abres una clínica dental, un centro de fisioterapia, una consulta de medicina estética, un gabinete de psicología o un centro médico privado pequeño en España, una gestoría online para clínicas debe ayudarte a encajar el epígrafe del IAE, a elegir entre autónomo y sociedad, a separar lo que va exento de IVA de lo que tributa (sobre todo en estética), a facturar a pacientes, mutuas y aseguradoras, a llevar la plantilla sanitaria y a cumplir con VeriFactu y el calendario de modelos. No hablamos de hospitales ni del SNS: el foco es la sanidad privada ambulatoria. Las fuentes oficiales (Agencia Tributaria, DGT, BOE y Seguridad Social) se consultaron el 16 de octubre de 2026. Confirma tu caso antes de decidir.

Qué necesita una clínica privada de su gestoría

Una clínica mezcla agenda de pacientes, cobros en recepción, facturas a mutuas y aseguradoras, material clínico y, a menudo, profesionales que facturan a la sociedad. El IVA no es uniforme: diagnóstico, prevención y tratamiento suelen ir exentos; la estética puramente cosmética, no. Con plantilla entran nóminas, retenciones, Seguridad Social y el convenio provincial de sanidad privada.

En Numonis combinamos una plataforma donde subes tickets y facturas con un asesor humano asignado que revisa tus números. Para el marco general, lee nuestras guías de gestoría online para autónomos y de gestoría online para pymes. Si te interesa comparar el canal digital con la gestoría presencial, también tienes gestoría online vs presencial: asesoría híbrida.

Autónomo o sociedad limitada

Como autónomo te das de alta con menos formalidades, tributas en el IRPF y, como recuerda el artículo 10 del Estatuto del trabajo autónomo, respondes de tus deudas con todos tus bienes presentes y futuros. Muchos dentistas, fisioterapeutas o psicólogos empiezan así con una sola consulta.

La sociedad limitada separa tu patrimonio del de la clínica y tributa en el Impuesto sobre Sociedades. Según el folleto de actividades económicas, en 2026 el tipo general es el 25 %, las microempresas (< 1 M €) tributan al 19 % los primeros 50.000 € de base y al 21 % el resto, y las de nueva creación al 15 % en el primer periodo con base positiva y el siguiente. Es habitual con varios socios o plantilla creciente.

Si eres socio y prestas tú servicios a tu sociedad (dirección clínica, asistencia a pacientes en nombre de la SL), la DGT, en la consulta V1831-15, explica que lo que te paga por esos servicios es rendimiento de actividad económica si estás en el RETA y rendimiento del trabajo si no lo estás. En ambos casos se valora a precio de mercado, porque socio y sociedad están vinculados.

Alta en Hacienda: modelo 036 y epígrafe del IAE

El modelo 036

El alta censal se hace con el modelo 036, porque el 037 se suprimió el 3 de febrero de 2025. En él indicas la actividad, el epígrafe, el régimen de IVA y el de IRPF. Si vas a comprar equipos o servicios a proveedores de otros Estados de la UE, en el mismo 036 pides el alta en el Registro de Operadores Intracomunitarios para obtener tu NIF-IVA.

Qué epígrafe del IAE corresponde a una clínica

Las tarifas del IAE (Real Decreto Legislativo 1175/1990) clasifican la sanidad privada sin internado en la sección primera, agrupación 94. Orientación práctica según doctrina e INFORMA de la Agencia Tributaria:

• Consultorio o centro médico privado (sin hospitalización): epígrafe 942.1. La DGT lo aplica, entre otras, en la consulta V0731-16.
• Clínica dental / odontología: el INFORMA 148218 clasifica la odontología en clínica en el grupo 943, citando la consulta V2608-24.
• Fisioterapia de rehabilitación en centro sanitario: el INFORMA 145250 la sitúa en el 942.9; si es actividad deportiva y no terapéutica, en el 967.2.
• Psicología: ejercicio profesional persona física (sección 2ª, grupo 776) frente a ejercicio empresarial (sección 1ª, 942.9); ver consulta V2010-21.
• Medicina estética: el epígrafe suele ir en la agrupación 94; lo decisivo para el IVA es si cada acto es asistencia sanitaria o tratamiento cosmético.

Tener epígrafe no implica pagar el impuesto. Las personas físicas están exentas del IAE, y las sociedades también mientras su cifra de negocios sea inferior a 1.000.000 €.

El IVA en clínicas: exento frente a gravado

Asistencia sanitaria exenta

El Manual práctico de IVA 2026 resume las exenciones del artículo 20.Uno de la Ley 37/1992 del IVA:

• Asistencia a personas físicas por profesionales médicos o sanitarios que consistan en diagnóstico, prevención y tratamiento de enfermedades.
• Es indiferente quién pague: paciente, sociedad médica, mutua o aseguradora.
• Están incluidos, entre otros ejemplos del manual, los servicios de estomatólogos, odontólogos, mecánicos dentistas y protésicos dentales, y la entrega, reparación y colocación de prótesis dentales y ortopedias maxilares realizadas por ellos.

Quién es «profesional médico o sanitario» se ancla en la Ley 44/2003 de ordenación de las profesiones sanitarias (médicos, odontólogos, fisioterapeutas, enfermeros, podólogos, etc., y especialistas en Ciencias de la Salud, incluidos psicólogos clínicos con el título correspondiente).

Qué suele ir al 21 %

El mismo manual de la AEAT deja claro que los servicios médicos prestados al margen o con independencia de un tratamiento médico, como las operaciones de cirugía estética con fin cosmético, están sujetos y no exentos. El cuadro de tipos de IVA 2026 sitúa la asistencia sanitaria, dental y curas termales que no gocen de exención en el 21 %.

La DGT, en la consulta V0310-26, recuerda que la blefaroplastia y tratamientos similares se analizan caso por caso: si corrigen enfermedad, lesión o defecto físico congénito pueden ir exentos; si el fin es estético, tributan al 21 %. También señala que consultas dermatológicas previas a un tratamiento estético, cuando su finalidad es ese tratamiento cosmético, no entran en la exención. El INFORMA de agosto de 2026 (trasplante capilar / alopecia con fin estético) apunta en la misma línea: sujetos y no exentos.

Quedan fuera de la exención, según el manual, profesiones no reconocidas como sanitarias en el ordenamiento (digitopuntores, acupuntores, naturópatas, masoterapistas en el ejemplo de la AEAT): sus servicios van sujetos al IVA.

Prorrata cuando mezclas exento y gravado

Si en el mismo centro facturas higiene dental o rehabilitaciones exentas y botox, peeling o cirugía estética al 21 %, tienes operaciones con y sin derecho a deducción. Entonces aplica la regla de prorrata: solo deduces el IVA soportado en el porcentaje de operaciones con derecho a deducción sobre el total. Eso afecta a material, alquiler, software y equipos compartidos. Separar series, códigos de servicio y reportes por tipo de acto evita errores en el 303.

Facturación a pacientes, mutuas y aseguradoras

Emite factura (completa o, cuando proceda, simplificada) por cada prestación e indica la exención cuando corresponda. Si paga una mutua, una aseguradora o una sociedad médica, la exención no cambia por el pagador: importa la naturaleza del servicio y quién lo presta. Cuadra liquidaciones de cada pagador con el banco. Los productos de recepción (cosméticos, etc.) suelen ir al 21 % y entran en la parte gravada de la prorrata.

Retenciones profesionales

Cuando un paciente empresa, una mutua o tu propia SL te paga a ti como profesional autónomo, suelen aplicar retención de IRPF. El cuadro de tipos de retención de la Agencia Tributaria fija el 15 % con carácter general para actividades profesionales (art. 101.5 a) LIRPF). El 7 % aplica a profesionales de nuevo inicio (año de inicio y los dos siguientes) y a ciertos epígrafes concretos no sanitarios. Médicos, dentistas o fisioterapeutas no aparecen en la lista del 7 % «estructural»: si no estás en el periodo de nuevo inicio, lo habitual es el 15 %. Quien te paga ingresa esa retención con el modelo 111 y el resumen anual 190; tú la compensas en tu IRPF.

Si tu clínica (SL) contrata a otros sanitarios como autónomos colaboradores, tú eres el retenedor: reten, 111 y 190.

Plantilla sanitaria, RETA y convenio

Si ejerces de forma personal y habitual, el alta en el RETA es obligatoria. Importass indica que se pide antes de empezar (máximo 60 días de antelación), con el IAE y los rendimientos previstos. La Seguridad Social cotiza por rendimientos netos, admite hasta seis cambios de base al año y, en la primera alta, la cuota reducida.

Con empleados (higienistas, auxiliares, recepción, enfermería), el artículo 1 del Estatuto de los Trabajadores cubre la relación por cuenta ajena. Importass detalla el alta de trabajadores. En sanidad privada no hay un único convenio estatal en el BOE: suelen ser provinciales o autonómicos. Confirma el aplicable a tu territorio antes de fijar tablas y jornada.

En ejercicio privado, la Ley 44/2003 exige, entre otros, colegiación cuando proceda y seguro de responsabilidad civil (o garantía equivalente).

VeriFactu y factura electrónica

Si facturas con un programa informático, te afecta VeriFactu también en las facturas de clínica. La Agencia Tributaria indica que la norma abarca facturas completas y simplificadas de quienes están sujetos al IRPF, al Impuesto sobre Sociedades o al IRNR con establecimiento permanente en territorio común (con exclusiones como el SII). Tras el Real Decreto-ley 15/2025, la nota de la Agencia Tributaria sitúa la adaptación de sociedades antes del 1 de enero de 2027 y del resto, incluidos los autónomos, antes del 1 de julio de 2027.

El 5 de octubre de 2026, una nota del Ministerio de Hacienda anunció la previsión de aplazar las obligaciones pendientes hasta octubre de 2028 para alinearlas con la factura electrónica B2B. A 16 de octubre de 2026 esa previsión aún no está aprobada en el BOE; mientras no se publique una norma, siguen vigentes los plazos de 2027. Más detalle en VeriFactu: aplazamiento a 2028 y en factura electrónica y VeriFactu.

Si facturas a empresas en España (por ejemplo, a una mutua o a otra sociedad), el Real Decreto 238/2026 obliga a la factura electrónica (sin simplificadas): doce meses después de la entrada en vigor de la orden de desarrollo si el volumen supera 8 millones de euros, y veinticuatro meses en el resto. La Orden HAC/1028/2026 entró en vigor el 6 de octubre de 2026.

Modelos y calendario fiscal

Los modelos más habituales para una clínica privada son:

• Modelo 303: IVA trimestral (1-20 de abril, julio y octubre; 1-30 de enero) si tienes operaciones sujetas (estética, productos, etc.). Si toda tu actividad es exenta sin derecho a deducción y no hay otras operaciones gravadas, el 303 puede no ser el centro de tu calendario; con actividad mixta, sí.
• Modelo 130: pago fraccionado del IRPF si eres autónomo en estimación directa y no aplicas la regla del 70 % de ingresos con retención.
• Modelo 111 y resumen 190: retenciones a empleados y a profesionales a los que pagues.
• Modelo 390: resumen anual del IVA en enero, cuando proceda.
• Modelo 100: la declaración de la renta, obligatoria con alta en el RETA en el año.

Si facturas a través de una SL, la sociedad presenta además el modelo 200 en los 25 días naturales siguientes a los seis meses posteriores al cierre, y los pagos fraccionados del modelo 202 cuando le corresponden.

Cómo trabajamos en Numonis con clínicas y centros de salud

Con Numonis fotografías el ticket o subes el PDF. El copiloto de IA propone importe, IVA (o exención) y fecha, y el asesor lo confirma. Subes facturas de proveedores, liquidaciones de mutuas y extractos del TPV; el asesor las cuadra con el banco cuando el plan incluye conciliación. La plataforma incluye facturación con VeriFactu. Hablas con tu asesor por correo, chat o videollamada.

A 16 de octubre de 2026 Numonis no tiene integraciones activas con TPV, Stripe ni software de gestión clínica; conectarlas está en nuestra hoja de ruta. Por ahora exportas de esas herramientas los informes o las liquidaciones y los subes a la plataforma.

Pasos para empezar

1. Lista especialidades (dental, fisioterapia, estética, psicología, medicina general), canales de cobro (paciente, mutua, aseguradora) y si hay plantilla.
2. Decide entre autónomo y SL según riesgo patrimonial, socios y volumen.
3. Presenta el 036 con el epígrafe sanitario que corresponda (942.1, 943, 942.9, 776 u otro) y marca el régimen de IVA.
4. Alta en el RETA y, si contratas, alta de trabajadores bajo el convenio provincial aplicable.
5. Separa en el software clínico / TPV los actos exentos de los gravados al 21 % y configura series de factura.
6. Monta el cuadre periódico (agenda → facturas → cobros de mutuas/aseguradoras → banco).
7. Revisa VeriFactu y, si facturas a empresas, el calendario de factura electrónica B2B.

El servicio de Numonis funciona online, pero si estás cerca de A Coruña, Teruel o Mérida y prefieres alguna reunión en persona, tenemos oficinas. Lo que entra en cada plan depende del nivel contratado, y las tarifas vigentes están en planes y precios.

Preguntas frecuentes

¿Qué epígrafe del IAE usa una clínica dental o de fisioterapia?

La odontología en clínica se clasifica en el grupo 943 (INFORMA 148218 / DGT V2608-24). La fisioterapia de rehabilitación en centro sanitario va al 942.9; si es actividad deportiva y no terapéutica, al 967.2. Un consultorio médico privado suele ir al 942.1.

¿La medicina estética siempre lleva IVA?

Si el servicio es cirugía o tratamiento con fin puramente estético, al margen del diagnóstico, prevención o tratamiento de una enfermedad, está sujeto y no exento al 21 %. Si corrige una patología, lesión o defecto congénito, puede estar exento; la DGT exige análisis caso por caso (p. ej. V0310-26).

¿Tengo que presentar el modelo 303 si toda mi clínica es odontología exenta?

Si solo realizas operaciones exentas sin derecho a deducción y no hay otras operaciones gravadas, el 303 no es el eje de tu calendario de IVA. En cuanto introduces estética, venta de productos o cualquier operación sujeta, sí liquidas el IVA (y, en su caso, la prorrata).

¿Qué retención aplica un dentista o médico autónomo?

Con carácter general, el 15 % en rendimientos de actividades profesionales. El 7 % de nuevo inicio puede aplicarse el año de alta y los dos siguientes si cumples los requisitos y lo comunicas al pagador.

¿Hay un convenio colectivo único para clínicas privadas en España?

No a nivel estatal en el BOE. Los convenios de sanidad / hospitalización y asistencia privada suelen ser provinciales o autonómicos. Confirma el que rige en tu provincia antes de fijar tablas salariales.

¿El aplazamiento de VeriFactu a 2028 ya es ley?

No a 16 de octubre de 2026. La nota de Hacienda del 5 de octubre de 2026 es una previsión de modificación; los plazos vigentes en la norma siguen siendo 1 de enero de 2027 (sociedades) y 1 de julio de 2027 (resto), hasta que se publique una disposición en el BOE.

Este artículo no sustituye a la normativa. Ante un caso concreto, manda el BOE vigente, las instrucciones de la AEAT y las consultas de la DGT aplicables a tu situación.