Gestoría online para startups y empresas de software

Una gestoría online para startups y empresas de software lleva la parte fiscal, contable y laboral de un negocio que vende programas, suscripciones SaaS o desarrollo a medida: alta en Hacienda, IVA de servicios digitales dentro y fuera de la UE, comisiones de pasarelas como Stripe, modelos trimestrales, Ley de startups e incentivos al I+D.

Esta guía es para desarrolladores autónomos y sociedades que facturan software desde España. Las fuentes oficiales citadas (Agencia Tributaria, Dirección General de Tributos, BOE, Seguridad Social y ENISA) se consultaron el 9 de octubre de 2026.

Un negocio de software vende servicios intangibles en muchos países, cobra con pasarelas que facturan desde otros Estados de la UE y suele invertir en desarrollo antes de facturar. La normativa cambia, así que confirma tu caso antes de decidir.

Qué hace una gestoría online para una empresa de software

Una asesoría para startups cubre tres áreas:

• Contabilidad: registro de facturas emitidas y recibidas, cierres y cuentas anuales.
• Fiscalidad: alta censal, IVA, retenciones, pagos fraccionados e Impuesto sobre Sociedades o IRPF.
• Laboral: inscripción como empresa, altas en la Seguridad Social y nóminas cuando contratas.

Si preparas una ronda de inversión, los inversores querrán ver la contabilidad, los impuestos presentados y quién tiene cada participación. Tenerlo al día desde el primer trimestre ahorra trabajo. Para el enfoque general, lee nuestras guías de gestoría online para autónomos y de gestoría online para pymes.

Autónomo o sociedad limitada

Como autónomo empiezas rápido, tributas en el IRPF y respondes con tu patrimonio personal de las deudas del negocio.

La sociedad limitada encaja cuando hay socios, inversores o un plan para pedir la certificación de empresa emergente. En el Impuesto sobre Sociedades, el folleto de actividades económicas de la Agencia Tributaria fija para 2026 un tipo general del 25 % y un 15 % para entidades de nueva creación en el primer periodo con base positiva y el siguiente. La declaración se presenta en los 25 días naturales siguientes a los seis meses posteriores al cierre. Para comparar, mira cuánto cuesta una asesoría para autónomos y pymes y la responsabilidad de los socios en una SL.

Alta en Hacienda: modelo 036 y epígrafe del IAE

El alta censal se hace con el modelo 036, porque el 037 se suprimió el 3 de febrero de 2025. Indicas actividad, epígrafe, regímenes de IVA e IRPF y, si trabajas con empresas de la UE, el alta en el Registro de Operadores Intracomunitarios.

Grupo 763 o epígrafe 845

Si programas como autónomo, la referencia es el grupo 763 de la sección segunda de las tarifas del IAE, “Programadores y analistas de informática”, que la DGT cita en la consulta V0360-20. En ella recuerda la regla 3ª de la instrucción: una persona jurídica que realiza una actividad de la sección segunda se matricula en la correlativa de la sección primera.

Por eso las sociedades de desarrollo informático suelen figurar en el epígrafe 845 de la sección primera, “Explotación electrónica por cuenta de terceros”, como en las consultas V5192-16 y V4689-16. Tener epígrafe no implica pagar el impuesto: las personas físicas están exentas del IAE, y las sociedades también mientras su cifra de negocios sea inferior a 1.000.000 €.

El IVA del software

Desarrollo a medida frente a SaaS

El manual de IVA de 2026 incluye entre los servicios prestados por vía electrónica el suministro de programas y su actualización y el mantenimiento a distancia de programas. En la consulta V2516-19, la DGT recuerda que un servicio electrónico está básicamente automatizado y apenas requiere intervención humana, y trata la consultoría informática como asesoramiento. Una suscripción SaaS y un proyecto a medida pueden tributar distinto.

Clientes empresa de la UE

Los servicios entre empresas se localizan donde está el cliente, según la regla general del manual de IVA. A una empresa de otro Estado miembro no le repercutes IVA español. Comprueba su NIF-IVA, necesitas estar en el ROI y declaras la operación en el modelo 349 con la clave S.

Particulares de la UE: 10.000 € y ventanilla única

Los servicios electrónicos a particulares de otros Estados miembros tributan, en general, en el país del cliente. El manual de IVA mantiene una excepción para quien está establecido en un solo Estado: mientras estos servicios, sumados a las ventas a distancia, no superen 10.000 € al año sin IVA, ni en el año anterior ni en el actual, cobras IVA español.

Por encima del umbral, la ventanilla única evita registrarte en cada país. Su régimen de la Unión cubre estos servicios y se declara en el modelo 369, cada trimestre y aunque no haya operaciones. El IVA soportado no se deduce en el 369.

Clientes fuera de la UE

Con una empresa cliente fuera de la Unión, la regla general sitúa el servicio en su país y no lleva IVA español, salvo excepciones por uso efectivo en España. La V2516-19 concluye lo mismo para la consultoría a particulares de fuera de la UE. Aun sin IVA, debes emitir factura.

Stripe y otras plataformas que te facturan desde la UE

Tu pasarela, tu nube o tu red de anuncios pueden facturarte desde otro Estado miembro. Si el proveedor no está establecido en España, el IVA de ese servicio lo declaras tú por inversión del sujeto pasivo. Las instrucciones del 303 de 2026 lo llevan a IVA devengado y, si tienes derecho, a deducible en el mismo modelo, y en el 349 va con la clave I.

Antes de tratar una comisión como exenta o sujeta, revisa qué dice la factura del proveedor sobre el IVA y quién la emite.

Retenciones y calendario fiscal

Si eres autónomo en el grupo 763, tus clientes empresa en España te retienen el 15 %, o el 7 % en el año de inicio y los dos siguientes, según el cuadro de tipos de retención. Si al menos el 70 % de tus ingresos profesionales del año anterior llevó retención, no presentas el 130.

Los modelos más habituales son:

• Modelo 303: IVA trimestral, del 1 al 20 de abril, julio y octubre y del 1 al 30 de enero.
• Modelo 130: pago fraccionado del IRPF del autónomo, en los mismos plazos.
• Modelo 349: operaciones con la UE, en los 20 días siguientes al periodo y hasta el 30 de enero para el cuarto trimestre.
• Modelo 111: retenciones de nóminas y de profesionales que te facturan.
• Modelo 115: retención del alquiler de una oficina, salvo que la renta anual no pase de 900 €.
• Modelo 390: resumen anual del IVA, en los primeros 30 días de enero.
• Modelo 100 para el autónomo, y 200 y 202 para la sociedad. El 202 va del 1 al 20 de abril, octubre y diciembre, como contamos en la guía del modelo 202.

Ley de startups: qué ofrece a una empresa emergente

El artículo 3 de la Ley 28/2022 exige ser persona jurídica con menos de cinco años desde la inscripción en el Registro Mercantil (siete en biotecnología, energía, industria y sectores estratégicos), no surgir de una fusión o escisión de empresas no emergentes, no repartir dividendos ni cotizar, tener sede o establecimiento permanente en España con al menos el 60 % de la plantilla contratada aquí y un proyecto innovador y escalable.

La certificación la da ENISA, es gratuita y no está abierta a autónomos. La ley fija tres meses para resolver, con silencio positivo, y los beneficios se pierden al superar 10 millones de euros de volumen de negocio anual.

Con la certificación, la sociedad tributa al 15 % en el primer periodo con base positiva y los tres siguientes, según el mismo folleto de la AEAT. Puede aplazar doce y seis meses, sin garantías ni intereses, la cuota de los dos primeros periodos con base positiva si presenta en plazo y está al corriente, y no hace pagos fraccionados en el periodo siguiente a cada uno. La ley también fija en 50.000 € anuales la exención de las acciones que reciben sus empleados y creó el visado para teletrabajo de carácter internacional.

I+D, innovación y software

Deducción por I+D e innovación tecnológica

El artículo 35 de la Ley del Impuesto sobre Sociedades, en su texto consolidado, incluye en el I+D la creación, combinación y configuración de software avanzado, y deja fuera el mantenimiento rutinario y las actualizaciones menores. La deducción es del 25 % de los gastos, del 42 % sobre el exceso respecto a la media de los dos años anteriores y un 17 % adicional por el personal investigador cualificado dedicado en exclusiva. La innovación tecnológica deduce el 12 %. Los gastos tienen que constar individualizados por proyecto.

Puedes aportar un informe motivado del ministerio competente, que vincula a Hacienda en la calificación de la actividad. Sin cuota suficiente, la deducción se aplica en los 18 años siguientes.

Activar el software que desarrollas

La Resolución del ICAC de 28 de mayo de 2013 permite registrar como inmovilizado intangible los programas desarrollados por la propia empresa que se usen durante varios ejercicios, con los mismos criterios que los gastos de desarrollo. Exige un proyecto individualizado, costes claramente asignados, éxito técnico y rentabilidad razonables y financiación. Más contexto en nuestra guía del Plan General Contable.

Si licencias software propio, mira también el artículo 23 de la misma ley, que reduce la renta por ceder ciertos intangibles, incluido el software avanzado registrado que derive de I+D.

Facturación: VeriFactu y factura electrónica

Si facturas con un programa, te afecta VeriFactu. Tras el Real Decreto-ley 15/2025, la Agencia Tributaria indica que las sociedades deben adaptarse antes del 1 de enero de 2027 y el resto, incluidos los autónomos, antes del 1 de julio de 2027. El 5 de octubre de 2026, una nota del Ministerio de Hacienda anunció la previsión de aplazar las obligaciones pendientes hasta octubre de 2028. Aún no está aprobada, como explicamos en VeriFactu: aplazamiento a 2028.

Si facturas a empresas en España, el Real Decreto 238/2026 hace obligatoria la factura electrónica, sin incluir las simplificadas. Se aplicará doce meses después de la entrada en vigor de su orden de desarrollo con volumen de operaciones superior a 8 millones de euros, y a los veinticuatro meses en el resto. La Orden HAC/1028/2026 se publicó el 5 de octubre de 2026 y está en vigor desde el día 6. Lo ampliamos en factura electrónica y VeriFactu.

Seguridad Social: RETA y primeras contrataciones

Los autónomos cotizan según rendimientos netos y pueden cambiar la base seis veces al año, según la Seguridad Social. En la primera alta, o sin alta en los dos años anteriores, puedes pedir la cuota reducida doce meses, prorrogable otros doce si tus rendimientos previstos no llegan al salario mínimo. También vale para socios de sociedades de capital encuadrados en el RETA, y se pide al darte de alta.

Para contratar al primer desarrollador, te inscribes como empresa y presentas su alta antes de que empiece, con un máximo de 60 días de antelación.

Gestoría externa o equipo financiero propio

Mientras validas el producto y facturas poco, una gestoría externa cubre las obligaciones sin sumar un sueldo fijo. Si más adelante incorporas a alguien de finanzas, la gestoría puede seguir con la parte fiscal y contable. Al elegir, pregunta si conocen el IVA de los servicios electrónicos, la Ley de startups y el I+D, y qué incluye cada plan.

Cómo trabajamos en Numonis con empresas de software

Numonis combina una plataforma donde subes tickets y facturas con un asesor humano asignado que revisa tus números:

• Fotografías el ticket o subes el PDF desde el móvil. El copiloto de IA propone importe, IVA y fecha, y el asesor lo confirma antes de que entre en un modelo.
• Las facturas de tu nube, tus herramientas y tu pasarela se suben igual, y el asesor las cuadra con el banco cuando el plan incluye conciliación.
• La plataforma incluye facturación con VeriFactu para las facturas que emites desde ella.
• Hablas con tu asesor por correo, chat o videollamada.

A 9 de octubre de 2026 Numonis no tiene integración activa con Stripe. Conectarla está en nuestra hoja de ruta; por ahora descargas de Stripe los informes de pagos y de comisiones y los subes a la plataforma. Lo que entra en cada plan depende del nivel contratado, y las tarifas vigentes están en planes y precios.

Pasos para empezar

1. Define qué vendes, a quién y en qué países.
2. Decide autónomo o SL según socios, inversión y ENISA.
3. Presenta el 036 con el epígrafe correcto y, si trabajas con la UE, el alta en el ROI.
4. Date de alta en el RETA y pide la cuota reducida si procede.
5. Clasifica tus servicios para el IVA y vigila los 10.000 € si vendes a particulares de la UE.
6. Guarda cada mes las facturas de comisiones y herramientas y los informes de Stripe.
7. Separa por proyecto los costes de desarrollo.

Si cambias de gestoría, ten a mano la escritura y los estatutos, el NIF, los contratos, las facturas emitidas y recibidas, las declaraciones ya presentadas y los préstamos o ayudas que tengas.

El servicio de Numonis funciona online, pero si estás cerca de A Coruña, Teruel o Mérida y prefieres alguna reunión en persona, tenemos oficinas. Si además vendes productos físicos online, lee nuestra guía de gestoría online para ecommerce.

Este artículo no sustituye a la normativa. Ante un caso concreto, manda el BOE vigente, las instrucciones de la AEAT y las consultas de la DGT aplicables a tu situación.

Preguntas frecuentes

¿Qué epígrafe del IAE corresponde a un programador? Como autónomo, el grupo 763 de la sección segunda. Una sociedad va a la actividad correlativa de la sección primera, a menudo el epígrafe 845.

¿Cobro IVA a un cliente empresa de otro país de la UE? No. El servicio se localiza en su país. Necesitas el alta en el ROI y declarar la operación en el 349 con la clave S.

¿Qué IVA aplico a una suscripción SaaS para particulares de la UE? Si estás establecido solo en España y no pasas de 10.000 € anuales, el IVA español. Por encima, el del país del cliente, declarado en el modelo 369.

¿Cómo declaro las comisiones de Stripe? Si te las factura una sociedad de otro Estado miembro y están sujetas, por inversión del sujeto pasivo en el 303 y en el 349 con la clave I.

¿Puede un autónomo ser empresa emergente? No. La certificación de ENISA es solo para sociedades que cumplen el artículo 3 de la Ley 28/2022.

¿El desarrollo de software da derecho a la deducción por I+D? Sí, si consiste en crear, combinar o configurar software avanzado. El mantenimiento rutinario y las actualizaciones menores quedan fuera.